Der FC Altdorf nimmt mit 11 Mannschaften am Juniorinnen und Junioren Meisterschaftsbetrieb des Innerschweizer Fussballverband teil. Zusätzlich bietet der FCA für die ganz Kleinen eine Fussballschule, welche sich im Frühling und Herbst einmal wöchentlich zum Training trifft.
A-Junioren
1. Stärkeklasse
Trainer: Tobias Schilter, Ronny Arnold
B-Junioren
2. Stärkeklasse
Trainer: Marcel Rauch, Marcel Waser, Kari Gnos
Ca-Junioren
1. Stärkeklasse
Trainer: Remo Arnold, Stefan Arnold, Urs Arnold
Cb-Junioren
3. Stärkeklasse
Trainer: Christian Schilter, Alexandra Meier, Tobias Kempf
Da-Junioren
1. Stärkeklasse
Trainer: Charly Schleiss, Kamel Della
Db-Junioren
2. Stärkeklasse
Trainer: Vangelis Kostas, Brian Epp, Evgeni Iliev
Dc-Junioren
3. Stärkeklasse
Trainer: Noah Tresch, David Jehle, Aaron Czekalla
E-Team Black
Trainer: Martin Gisler, André Gnos, Yunus Yaramis
E-Team Yellow
Trainer: Vince Bakula, Labib Mina
E-Team White
Trainer: Patrick Gnos, Pascal Odermatt
E-Team Grey
Trainer: Samuel Stamm und Gafur Zeqiri
F-Team Black
Trainer: Constantin Vasile, Ismaele Marchiano
F-Team Yellow:
Trainer: Patrice Altherr, Michael Eltermann, Jonah Simmen
F-Team Grey:
Trainer: David Gisler, Lucas Alfermann, Fabio Schelbert