Der FC Altdorf nimmt mit 11 Mannschaften am Juniorinnen und Junioren Meisterschaftsbetrieb des Innerschweizer Fussballverband teil. Zusätzlich bietet der FCA für die ganz Kleinen eine Fussballschule, welche sich im Frühling und Herbst einmal wöchentlich zum Training trifft.
A-Junioren
2. Stärkeklasse
Trainer: Tümer Calisici, Bruno Muoser
B-Junioren
1. Stärkeklasse
Trainer: Gafur Zeqiri
Ca-Junioren
2. Stärkeklasse
Trainer: Damian Baumann, Iwan Herger, Remo Arnold, Stefan Arnold
FF-19 Team Uri
Gruppe 2
Trainer: Lulzim Musliu, Lon Simonaj
Cb-Junioren
3. Stärkeklasse
Trainer: Christian Schilter, Alexandra Meier
Da-Junioren
2. Stärkeklasse
Trainer: Roman Jauch, Fabrizio Russi, Lukas Baumann
Db-Junioren
3. Stärkeklasse
Trainer: David Gisler, Alessio Arnold, Lucas Alfermann
Ea-Junioren
1. Stärkeklasse
Trainer: Charly Schleiss, Kristijan Djurovac
Eb-Junioren
3. Stärkeklasse
Trainer: Noah Tresch, David Jehle
Ec-Junioren
3. Stärkeklasse
Trainer: Vince Bakula, Danijel Covic
Fa-Junioren
Trainer: Daniel Schibli
Fb-Junioren
Trainer: Pascal Odermatt
Fe-Junioren
Trainer: Patrick Gnos
Fd-Junioren
Trainer: André Gnos
Ff-Junioren
Trainer: Yunus Yaramis