Der FC Altdorf nimmt mit 13 Mannschaften am Juniorinnen und Junioren Meisterschaftsbetrieb des Innerschweizer Fussballverband teil. Zusätzlich bietet der FCA für die ganz Kleinen eine Fussballschule, welche sich im Frühling und Herbst einmal wöchentlich zum Training trifft.

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A-Junioren
1. Stärkeklasse

Trainer: Florian Berisha, Daniel Divkovic, Patrick Gnos

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B-Junioren
2. Stärkeklasse

Trainer: Tobias Schilter, Raphael Herger

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C-Junioren
2. Stärkeklasse

Trainer: Marc Schillig, Raphael Thalmann

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Da-Junioren
Elite Gruppe

Trainer: Tümer Calisici, Bruno Muoser, Diego Schelbert

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Db-Junioren
3. Stärkeklasse

Trainer: Jamin Schürpf, Lars Zgraggen, Dario Gick

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Dc-Junioren
3. Stärkeklasse

Trainer:

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FF-19 Team Uri
Frühjahrsrunde

Trainerinnen: Leila Migliucci, Julia Novacic

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Ea-Junioren
2. Stärkeklasse

Trainer: Biagio Spina, Rui Lima, Shpend Ibrahimi

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Eb-Junioren
2. Stärkeklasse

Trainer: Marcel Gerig, Philipp Gisler, Vedran Markovic

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Ec-Junioren
3. Stärkeklasse

Trainer:

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F-Junioren
3 Mannschaften

Trainer: Walter Stöckli, Damian Baumann, Fabrizio Russi, Christian Schillig, David Jehle